Me hyrjen e trupave ushtarake të NATO-s, KFOR-it, në Kosovë në vitin 1999 filloi edhe transformimi i UÇK-së, duke përfunduar në vitin 2000.
Udhëheqësi i parë i TMK-së u emërua Gjeneral-lejtnant, Agim Çeku, aktualisht deputetë në Kuvendin e Kosovës. Sipas marrëveshjes, detyrat dhe të drejtat e TMK-së në atë kohë ishin veprimi për ndalimin dhe zvogëlimin dëmeve nga katastrofat natyrore dhe aksidentet, ofrimi i ndihmës në zona të rrezikuara, ndihma në pastrimin e fushave të minuara, ndihma për ri-ndërtimin dhe komunitetet.
Trupat Mbrojtëse të Kosovës, pasi e arritën qëllimin e tyre, duke përfshirë këtu lehtësimin e rindërtimit pas lufte të Kosovës. Ato do të shpërndahen 1 vit pas miratimit të kësaj marrëveshjeje”, shkruhej në Planin e Ahtisaarit, shkruan telegrafi.
Shpërbërja e TMK-së është bërë me pajtimin e të gjithë faktorëve relevantë vendorë dhe të huaj. Më 21 janar 2009 u krijua Forca e Sigurisë së Kosovës, e cila fillimisht kishte përgjegjësi që të përballet me katastrofat e rënda, siç janë tërmetet, vërshimet ose zjarret që mund të kërcënojnë Kosovën.
Më 4 mars të vitit të kaluar, Qeveria e Kosovës kishte marrë vendimin që të formohen Forcat e Armatosura të Kosovë, si ushtri e Kosovës, megjithatë formimi i saj ende po bllokohet nga deputetët e Listës Serbe.